小门屿是个地势北高南低的熔岩台地，岛上的东、北、西岸多为玄武岩海崖，南岸则为村落聚集地区。来到此处，可见到外形呈现球状结构的多孔玄武岩，小门屿层特殊的铁质石英砂岩、铁质黏土层、参杂动物化石的灰壳岩以及受流水侵蚀的小恶地形等多样貌的地质景观。