这里的蝙蝠种类有台湾叶鼻蝠、折翅蝠及小蹄鼻蝠三种，均为台湾特有种。据了解，除了在阿里山铁路33号废弃隧道外，林管处也在其它洞穴发现蝙蝠踪迹，为了了解阿里山蝙蝠习性及族群变化，林管处特别编列经费并委托民间专业公司，进行蝙蝠生态拍摄及活动监测，详实的纪录了蝙蝠的日休眠、出洞、夜间活动觅食、生殖及冬眠等习性。每到假日便有当地居民担任义工解说员，在解说站导览解说水社寮的自然和蝙蝠生态，好让游客们能对水社寮有更深入的认识。