北门舄湖区介于王爷港汕和内陆间，海茄苳红树林曾经大量生长在北门蚵寮西边的北门舄湖区沼泽地带，后来开发为海埔新生地或辟为鱼塭。在台南政府全力复育红树林的政策下，舄湖南边之头港大排水，出海口之河床也长有面积约6公顷的海茄苳；在急水溪出海口淤沙较多的北门舄湖区海茄苳也再度繁殖，并引进种植水笔仔，在这两个据点设置红树林保护区，并立有公告牌标示保育措施。