台东县自然史教育馆的前身是1985年成立的贝壳陈列馆，1994年省立博物馆以此为基础，设立台东县自然史教育馆，将原本的贝壳标本做有系统的整理、展示与研究，现有馆藏557种的贝壳标本，同时增设矿物展示室，搜集世界各地的海洋珍宝及矿石，馆藏日渐丰富，是结合自然资源和教学的自然博物馆，也是了解东海岸蕴藏珍贵海洋及山脉资源最好的教室。 

台东县自然史教育馆的设立，证明美丽的东海岸拥有的不只是海天山色，来自海洋深处的生物演化证物更是大自然所赐予最神奇的礼物。