台东海洋生物展览馆的展示馆分成东展示馆、西展示馆，有沿岸礁岩淡水鱼类、五彩缤纷的珊瑚礁鱼类、章鱼、海胆、水母及贝类、贯穿三层楼的大圆柱缸，呈现台湾东部洄游性生物的大洋池，如鲨鱼、魟鱼、鬼头刀等，还有小孩最喜爱的触摸池。　　 

海洋生物展览馆拥有唯一水质维生系统设备展示区，三层楼高的水槽里，以深层海水养殖，分门别类展示东海岸海域洄游性鱼类，如鲨鱼、鲔鱼、魟鱼、鬼头刀等东部鱼类生态，在大洋池中悠游自在、轻盈曼妙的遨游，值得前往观赏，更是亲子一同来感受惊奇的好去处。 
 

此外，在养鱼玩家眼里非常漂亮又有身价的鱼种小丑鱼，水试所东部海洋生物研究中心已以人工繁殖复育成功，并正式在台东海生馆与民众见面，使得台东海生馆更具吸引魅力。 

小丑鱼又称海葵鱼，复育成功的有所罗门双带、红透小丑、澳洲蓝带丑、澳洲双带丑以及眼斑海葵鱼。水试所预估一年可生产至少25万尾的小丑鱼，产值达亿元以上，对养鱼玩家和渔民来说，都是非常受到欢迎的好消息。