指南宫主祀神纯阳祖师吕洞宾，正式名称是「孚佑帝君」，但民间习称仙公或吕祖。吕祖是唐朝时人，饱读诗书，曾考中进士，做过县令，因为虔心慕道，得遇正阳祖师锺离权仙师，以黄粱大梦点化，点石成金试测，传授心法，终成大道，位列仙班。但因立有「度尽世人」的宏愿，所以经常显化民间「济世度人，解难救厄」，留下了许多民间亲和的神迹佳话，是我国民众最亲近和熟悉的道教神仙。

宫殿园区占地广，古木参天，浓荫蔽日。全宫共有纯阳宝殿、凌霄宝殿、大雄宝殿及大成宝殿4大殿宇。主殿均是依山而建，宏伟庄严，建筑多采坚固青斗石，部分殿宇并用铜瓦覆盖，可历千年。纯阳与凌霄两殿间有长廊相连，亭池台榭，四时花开，空气清新，可以一览台北市远近景观，被誉为「天下第一灵山」。更经常办理各项大型宗教活动，参与国际弘道事务，声名远播。