中日战争期间，日人在南京掠走玄奘大师的顶骨舍利，供奉在日本崎玉县慈恩寺， 1955年 ，始将部分顶骨舍利归还佛教会，并择定暂时安奉于日月潭畔之玄光寺；1965年11月，玄奘寺落成后，灵骨才迎奉入玄奘寺。