馆内分为台湾水域馆及珊瑚王国馆二馆，提供有关台湾地区鱼类及珊瑚之生态习性介绍。 此外，国立海洋生物博物馆的建立除了为达成既定的教育、文化、经济与休憩目标外，我们更希望在对自然的尊重，对环境的爱护，甚至对人类明日世界的展望上，都能尽到自己最大的心力。