南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。妈祖生前为善人间，又得地灵之利，于 9月初9在此羽化升天。明朝时，妈祖受封为天妃，清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称，因此供奉妈袓的庙，便命名为天后宫。