西门国小创立于大正二年（公元一九一三年）四月，当时称为安平寻常小学校，安平乡土文化馆现址则为日治时代之校长宿舍。 
战后，因乏人管理，风雨摧残，因而倾圮破落，几成危屋。所幸「安平港国家历史风貌园区」计划开展，将本宿舍列入传统民居修复名单，并订名为「西门国小乡土文化馆」，作为校史文物陈列暨本土文化教学之所；文化馆之设立，让民众透过本土教学，深刻体会安平的本土文化。