开元寺占地辽阔，环境清幽，新旧殿宇栉比鳞次为台湾最具历史之古剎。目前寺庙除山门外，计分三进。前殿为弥勒殿，主祀弥勒佛，左右配祀四大天王。正殿为大雄宝殿，供奉释迦佛。左侧旁祀郑成功夫妇神位，两侧并四十八罗汉。后殿为大士殿，主祀牵手观音菩萨。寺内有名井一口，称为（郑经井）。寺后种（七弦竹）一丛，为郑经母亲董氏手植。此外，在功德堂内，还保存不少郑经时期的古物，这些对于开元寺而言，都是具有相当深刻的意义。 

重一千六百斤的古钟，为开山住持志中法师当年募缘所铸，是台湾年代最古的铜钟，上铸「康熙三十四年」（1965年），铭记着志中法师的出关偈︰「独坐钉关给善缘，募钟立愿利人天；一声击出无边界，同种功德亿万年」，同时还镌有「般若波罗蜜多心经」全文和捐造者名单。