水仙宫创建于康熙四十二年（公元1703年），位于当时府治的西定坊港口，即为昔日五条港地区的南势港口尾端，是府城水陆交通必经之地。自康熙五十七年(公元1718年)第一次改建后，迭经增修。乾隆二十七年(公元1783年)北郊绅商再集资重修，并设郊商办事处于此，遂使水仙宫成为当时府城的商业中心，香火也更旺盛。 

到昭和十六年，日本人施行市区改正计划，将庙宇中、后二殿拆除，二战后，信众合力重建而成今貌。 目前，水仙宫是一座单殿单进的建筑形式，坐东朝西，开三门，门上不绘门神而改用门钉，桥下培仍留存着早年建筑的石料，斑驳芭意，令人激赏。