创建于明永历年间，位于当时府城镇北坊赤嵌街后的开基灵佑宫，在清嘉庆二年(公元一七九七年)、道光十五年(公元一八三五年)、咸丰六年(公元一八五六年)都曾加以修缮。目前镶嵌于前殿在侧山墙上的碑记是日治大正三年(公元一九一四年)再次重修时，士绅合捐银钱的「重修灵佑宫碑记」。昭和7年(公元1932年)，日治时明治公学校（今成功国小）」为了扩充校舍，遂将正殿反向迁移于三川门前，而成现今座东朝西的方位。此后，本庙亦曾将腐朽的屋顶、梁桁等大部作抽换修茸或上新彩，直到一九八五年，才再重建成今日的规模。