台湾割日后，清领时期开辟的旧运河日渐淤浅，日本人于大正十一年开始在头鲲 、二鲲 之间挖运河，当时海关尚在安平：后来原供停泊海船的盐水溪口亦渐淤浅，大船无法进入安平旧港，日本人在约昭和十年开辟安平港，昭和十四年起，船只开始由安平进港直驶至现今中国城停泊，海关亦随之迁到现今民生路、环河街口的运河转角处。 
　　 
二战后，这座运河边的海关变成财政部高雄关，专司检查进港船只。 旧运河时代，五条港的货物都在安海港尾的安平第一桥附近，以由马车运载上下船进出口，新运河开辟后，才改在海关附近运载货物，而当时的马车寮大多集中在镇渡头及海安宫附近，它的存在让五条港区的商业又延长了数十年之久，海关墙外现仍留有一座「财政部高雄关界碑」。 
　　 
这栋旧海关至少已有六、七十年的历史，是目前西区保持相当完整的日治时代建筑。早年运河船货皆由此上岸，再以人力车、马车运到五条港区，日本人开辟中正路亦系利用运河与根基已固的台湾商人争商机。 现为财政部高雄关税局台南支关安平办公室。